Мильковская ДЮСШ реализует следующие образовательные программы дополнительного образования физкультурно-спортивной направленности и программы спортивной подготовки за счёт средств бюджета Мильковского муниципального района на согласно муниципального задания: Форма обучения очная, обучение ведётся на русском языке.
| Образовательная программа | Уровень образования | Нормативный срок обучения |
| Отделение спортивных единоборств | ||
| Дополнительная общеобразовательная общеразвивающая программа «Дзюдо» | Дополнительное | 4 года |
| Дополнительная общеобразовательная предпрофессиональная программа «Дзюдо» | Дополнительное | 8 лет |
| Программа спортивной подготовки по виду спорта «Дзюдо» | — | 10 лет |
| Дополнительная общеобразовательная предпрофессиональная программа «Бокс» | Дополнительное | 8 лет |
| Отделение прикладных видов спорта | ||
| Дополнительная общеобразовательная общеразвивающая программа «Спортивное ориентирование» | Дополнительное | 4 года |
| Дополнительная общеобразовательная предпрофессиональная программа «Спортивный туризм» | Дополнительное | 8 лет |
| Отделение командных игровых видов спорта | ||
| Дополнительная общеобразовательная общеразвивающая программа «Хоккей с шайбой» | Дополнительное | 4 года |
| Дополнительная общеобразовательная предпрофессиональная программа «Хоккей с шайбой» | Дополнительное | 8 лет |
| Программа спортивной подготовки по виду спорта «Хоккей с шайбой» | — | 10 лет |
| Дополнительная общеобразовательная общеразвивающая программа «Волейбол» | Дополнительное | 4 года |
| Дополнительная общеобразовательная предпрофессиональная программа «Волейбол» | Дополнительное | 8 лет |
| Программа спортивной подготовки по виду спорта «Волейбол» | — | 10 лет |
| Дополнительная общеобразовательная общеразвивающая программа «Баскетбол» | Дополнительное | 4 года |
| Дополнительная общеобразовательная предпрофессиональная программа «Баскетбол» | Дополнительное | 8 лет |
| Отделение скоростно-силовых видов спорта | ||
| Дополнительная общеобразовательная предпрофессиональная программа «Лёгкая атлетика» | Дополнительное | 8 лет |
| Программа спортивной подготовки по виду спорта «Лёгкая атлетика» | — | 10 лет |
| Дополнительная общеобразовательная предпрофессиональная программа по виду спорта «Лыжные гонки» | Дополнительное | 8 лет |
